La distinción que hace Descartes sobre el alma y el cuerpo es el punto de partida para la comprensión de la dominación moral de las pasiones del cuerpo. Descartes lo plantea clara y nítidamente en su libro: “el calor y el movimiento de los miembros proceden del cuerpo; los pensamientos, del alma”. Para Descartes, el alma no mueve el cuerpo del hombre directamente sino a través de una glándula que hace parte del sistema nervioso y permite el movimiento, pero el alma se ve afectada por el movimiento del cuerpo dañando órganos como el cerebro. A Descartes le preocupa el entendimiento, la razón. Su propósito es proteger el alma de estas perturbaciones producidas por el cuerpo: “Considero, además que no reparamos en que ningún sujeto obra más inmediatamente contra nuestra alma que el cuerpo al que esta unida, y por consiguiente debemos pensar que lo que ella es una pasión es generalmente en él una acción”. Aquí nos plantea Descartes que el cuerpo no tiene pasión, que ésta, solo está en el alma y que en el cuerpo se da una acción. Este es sin duda el problema que ve Descarte, la influencia del cuerpo sobre el alma, la pasión por encima de la razón. Pero él no encuentra otra salida distinta a la moral: “Nuestras pasiones no puede tampoco ser excitadas directamente ni suprimidas por la acción de nuestra voluntad, pero pueden serlo indirectamente mediante la representación de las cosas que tiene costumbre de ser unidad a las pasiones que queremos tener, y que son contrarias alas que queremos rechazar”. Esto, sería, el sometimiento de nuestras pasiones a la moral. Descartes propone alterar nuestras representaciones de los objetos para engañar nuestro cuerpo. Quiere moldear nuestras pasiones a un esquema racional que le rinda tributo a la razón, como lo dice él:

“Nuestra alma (...) sólo necesita seguir exactamente la virtud, pues todo el que haya vivido de tal modo que su conciencia no pueda reprocharle que haya dejado nunca de hacer todo lo que ha juzgado lo mejor (que es lo que llamamos aquí seguir la virtud), recibe una satisfacción tan poderosa para hacerle feliz que ni los más violentos esfuerzos de las pasiones tienen jamás bastante poder para turbar la tranquilidad de su alma”.
Es evidente que Descartes busca, por medio de la moral, someter al cuerpo. La descripción que hace de las pasiones saca a flote su temor, la caída o subordinación de la razón.

A partir de esta propuesta de Descartes surge la alieneación del cuerpo y de algunas formas de sexualidad como el libertinaje; es decir “las nuevas relaciones entre pensamiento libre y sistemas de las pasiones”. Dentro de la prisión de la razón, no sólo entran los enfermos marginales sino también, los homosexuales, los libertinos, las orgías y todas las formas de sexualidad que desafiaban las estructuras sociales. El libertinaje, por ejemplo, planteaba un estado de servidumbre donde la razón se hacía esclava de los deseos y sirvienta del corazón.